#20 變革之刃

各陣的反鋼彈行動原本已暫時受挫，不過在收到了某份情報後卻有了轉機，令三大陣營取得了共識，讓這三大國家群締結了軍事同盟。整個世界為了打倒鋼彈這個理由而逐漸統合起來。而令人感到諷刺的是，這全是拜座天使先前的惡劣行徑所致。

#21 毀滅之道

逐漸統合為一的世界，這正是天上人所追尋的目標。在時勢產生驚人變動的情況下，皇為了預防萬一而有所安排。在提耶利亞為了自身存在意義，以及與吠陀之間的關係感到苦惱時，洛克昂給了他提示。

#22 TRANS-AM

在皇的作戰指示，以及新武裝的支援下，剎那等人總算脫離險境。不過他們也付出了相當大的代價。隨著世界逐漸統合，鋼彈也從企圖捕獲的對象，成了必須殲滅的目標。面對世界統合軍的壓倒性戰力，就連三架座天使也被打得毫無還手之力。不過就算身處此等絕境，剎那的眼神依舊未曾失去光

#23 阻止世界

沙瑟斯駕駛著座天使二型將剎那與崔尼提玩弄於股掌之間。在這場戰鬥中，天上人原以為取得足以進行反擊的最後王牌，然而卻也相對失去了無可比擬之物。前往地球的剎那與雷瑟，利用突襲用貨櫃十萬火急地趕往托勒密所在的宙域。
為了殲滅鋼彈，聯合國軍的宇宙艦隊鎖定了托勒密。各大陣營的駕駛員們，也各自懷抱著不同的決心，迎向這場最終決戰。

#24 無盡的詩歌

在GN-X的窮追猛打下，各鋼彈都已滿身瘡痍。雖然萬分悲傷，但鋼彈尖兵們仍勇敢前往戰場。洛克昂的思念、阿雷路亞的心情、提耶利亞的決心，加上剎那帶著燭火燃起最後光輝般的氣勢，迎向僅有無盡黑暗的戰場。

#25 剎那

生命持續在漆黑的太空中消逝。艦艇受創沈沒、MS爆炸四散。剎那為了展示自身的信念、否定已被扭曲的時勢，而毅然決然地投入最後之戰。

#01 天使再臨

地球圈聯邦‧獨立治安維持部隊「A-LAWS」，以不人道手段對反政府勢力「純源」執行鎮壓、殲滅任務。純源的幹部克勞斯告知希琳，要加快在建設中的殖民地「榮譽」的同志救出作戰。成為技師的沙慈在那個殖民地工作，卻因為同僚是純源的成員而蒙上不白之冤，遭到A-LAWS的保安局人員逮捕，被送到高重力區進行強制勞動。

#02 雙重動力裝置

得知萊爾是純源成員的剎那，對萊爾表示若他有改變世界的意思，就加入天上人。
另一方面，A-LAWS軍本部也因為鋼彈再度出現而顯得慌張。卡蒂．馬涅欽、安德列等人接連受到荷馬‧片桐司令徵召。此外還出現了神祕的面具男子身影。

#03 阿雷路亞奪還作戰

阿雷路亞被拘禁在反政府勢力收監設施裡。面對監督審問的皮利斯，阿雷路亞對「瑪莉」的呼喚未能傳達給對方。　托勒密號組員得知了阿雷路亞被關押在收監設施的事。面對一直不肯明確表態加入天上人的皇，剎那開口要求她訂立援救計劃。

#04 戰鬥的理由

A-LAWS為了展開下次作戰，召來林特少校。卡蒂在分析前次與托勒密號的作戰時，感覺到某些東西。純源的幹部克勞斯等人意圖與天上人進行接觸，而憂心瑪莉娜行蹤的希琳，也要求與他們同行。林特將水中用MA編入作戰的追擊，正逼近航向轉往阿拉伯海的托勒密號。

#05 故國燃燒

聯邦政府反過來利用天上人的出現，宣揚A-LAWS的重要性。這全是里朋斯進行情報操作下的指示。此外，里朋斯不只掌握變革者，還利用某個人物在世界上引發更大的波瀾，試圖推動統合計劃。與純源會合的天上人，得到克勞斯表明願意全力協助的聲明。另一方面，在非自願狀態下一再被捲入戰事的沙慈，採取了某種行動。

#06 傷痕

純源的士兵們因為A-LAWS的攻擊而倒下。士兵臨終前低喃的語句，令皇想起可憎的過去並因此昏厥。同一時間，從林特口中聽取戰果報告的卡蒂，也因為過當的作戰而面色凝重。
親眼目睹攻擊慘況而感到消沉的皮利斯，收到謝爾蓋的來信。為皮利斯的心情著想的字句，令她感受到謝爾蓋的關心，卻也再度認清自己身為超兵的立場，重新立定投身戰場的決心。

#07 再會與離別

雖然靠著恢復意識的皇的作戰，讓托勒密號脫離戰線，但是卻無法捕捉到與皮利斯的先驅式一同墜落的墮天使。另一方面，迫降在海岸線的阿雷路亞與皮利斯離開MS，直接對峙了…。

#08 純潔的扭曲

與自己有相同容貌的利傑尼出現，令提耶利亞感到驚愕。但是，利傑尼所洩露的變革者情報，更是動搖提耶利亞的內心。之後，取得A-LAWS的高官們將於宴會齊聚的情報，CB成員讓剎那與提耶利亞潛入其中進行偵察任務。

#09 無法拭去的過去

剎那與提耶利亞和沙瑟斯所駕駛的權天使對峙。雖然提耶利亞憤怒地攻向洛克昂的仇人，卻被對方的攻擊力壓倒。萊爾從提耶利亞的言談中，得知沙瑟斯就是殺死兄長尼爾的仇人。

#10 天之光

在反對聯邦蠻橫再生計劃的中東諸國當中，以蘇伊爾王國的國力最為強大。憂心蘇伊爾起義引發中東諸國追隨的聯邦，決定派遣A-LAWS到蘇伊爾，並下令正規軍的謝爾蓋在蘇伊爾國境周邊監視狀況。另一方面，期待蘇伊爾起義的純源，成功敲定與蘇伊爾國王為共同戰鬥進行會談。

#11 00之聲

在伊恩等人為00的支援機0強化戰機進行調整時，A-LAWS又使用了新兵器。那驚人的威力令A-LAWS、以及里朋斯面露喜色。對他們的做法感到憤怒不已的提耶利亞，終於將變革者的存在告知天上人的組員。

#12 在宇宙等待

遭到A-LAWS突襲的托勒密號試圖緊急脫逃，但是卡蒂的戰略與新型MS令尖兵們陷入苦戰。這時候，00的雙重動力裝置發揮出真正的能力。

#13 死兆砲攻略戰

A-LAWS的MS部隊，逼近對衛星兵器【死兆砲】發動攻擊的純源宇宙艦隊。希林格的MS則是向剎那接近。不過，那是擔任誘餌的剎那所做的刻意引誘。

#14 聽見歌聲

遭受變革者發動的猛攻，托勒密號在受損的情況下降落到地球上。剎那前往地球尋找托勒密號，沙瑟斯駕駛的權天使鋼彈卻在此時出現了。

#15 反抗的凱歌

接受了純源的補給，托勒密號邊航行邊進行整修。為了突破聯邦的包圍網，00的戰力是必須的，但是剎那至今仍未歸艦。托勒密號只能採取守勢應戰，然而此時卻傳來聯邦內部發生政變的情報。

#16 悲劇的序章

A-LAWS突然撤退，這是因為收到聯邦內部發生政變的情報。從純源方面捕捉到政變消息的剎那，將00的行進路線轉向非洲。但是在那等著剎那的是，駕著新機體再度現身的武士道先生。

#17 在消散的光芒中

狀況越發危急，而托勒密號在修理不完全的狀態下無法打破現狀。這時候，負傷的剎那為了完成現在應做的事，忍著傷勢準備出擊。接著，剎那對沙慈說出了某句話。

#18 交錯的思念

在軌道電梯崩塌的「崩柱事件」過後4個月，荷馬等人接到一直保持沉默的天上人重新開始活動的報告。
另一方面，提耶利亞對擔心聯邦將落入A-LAWS管控下的托勒密號組員提議，此刻應實行奪回吠陀的作戰。皇為此訂立了以捕獲變革者為要點的作戰。

#19 變革者之影

沙慈在混亂的戰況中，尋找露意絲的機體。皮利斯也為了替謝爾蓋報仇而搜尋著安德列駕駛的機體。與希林格交戰時，剎那解放了雙重動力裝置的力量，使得00強化模組放出的粒子遍佈戰鬥宙域周邊。

#20 艾紐回歸

即使被軟禁在托勒密號，里凡穆還是一臉從容的微笑，對皇等人的問話也輕視般的不斷做出敷衍的回答。這時候，菲特發出通訊告知蜜蕾娜被帶走的消息。

#21 革新之扉

留美發出的連絡在隔了一段時間後送達，內容只有拉格朗日5所在宙域的座標。托勒密號的組員們感到可疑，但剎那卻提議要過去。伊恩也因為琳達他們在那附近的天上人祕密工廠開發新裝備而表示贊同，於是一行人前往留美的連絡訊息中所指定的座標。
希林格等人在先前的戰鬥中對00強化組件的力量感到咬牙切齒，開始懷疑在MS的性能之外，有什麼東西其他的影響。

#22 為了未來

將聯邦軍也統合在內的A-LAWS的大艦隊，為了殲滅天上人而不斷集結。古德曼等人在最後的決戰前意氣昂揚。
在托勒密號上，認為戰鬥應有個了結的剎那等人彼此訴說決心。在最後決戰前的短暫時光中，菲特將在實驗室中培養的一株花交給剎那。那是過去，在當游擊兵的少年時期也看過的、開在中東地方的花。

#23 生命之華

利傑尼終於展現出對里朋斯造反的意思。
另一方面，A-LAWS與CB之戰將純源、聯邦軍也捲入，戰況極為激烈。此時，巨大的光束突然包圍戰場。

#24 BEYOND

侵入敵方母艦的提耶利亞在那裡得知驚人的事實。然後……。
雖然托勒密號堅持採取防衛戰，但是在敵人毫不休止的猛攻下被迫一路居於劣勢。同伴們一個又一個倒下。彷彿是呼應著那生命之火一般，剎那發出怒吼！

#25 再生

剎那的00強化模組與里朋斯駕駛的MS 再生加農對峙。面對自稱要領導人類的里朋斯，剎那展開攻擊。另一方面，在托勒密號上，身體狀態恢復的雷瑟回到艦橋，為了支援剎那而再度出動船艦。
即使擔心瑪莉的安危，阿雷路亞仍駕駛墮天使再戰，與沙瑟斯做出了斷的萊爾則駕駛中度損傷的智天使再度回到戰場。